Le rôle essentiel que l'on s'attend à voir la Commission géologique du Canada jouer dans l'identification des ressources de l'Ouest est évident pour la première fois en 1890, année où le cabinet fédéral fait de la Commission un organisme distinct. En 1907, le mandat de la Commission est légèrement élargi lorsqu'elle fusionne avec la Direction des statistiques minérales du ministère de l'Intérieur pour former le nouveau ministère des Mines. Lorsque le contrôle sur les terres publiques est transféré aux provinces des Prairies, en 1930, la Commission est censée poursuivre ses études pour appuyer l'industrie minière. Celle-ci et les quelques éléments fédéraux restants qui s'occupent des ressources naturelles fusionnent pour former le nouveau ministère des Mines et des Ressources. Par suite de réorganisations fédérales ultérieures, la Commission est intégrée dans le ministère des Mines et des Relevés Techniques (1950), le ministère de l'Énergie, des Mines et des Ressources (1966), puis Ressources naturelles Canada (1995), où elle se trouve encore aujourd'hui.